| 順位 | 市町村名 | 農林漁業[経済センサス2012]=事業所数データ |
| 1 | 宮古島市 | 77 |
| 2 | 石垣市 | 30 |
| 3 | 名護市 | 20 |
| 4 | うるま市 | 15 |
| 5 | 糸満市 | 14 |
| 5 | 久米島町 | 14 |
| 7 | 南城市 | 12 |
| 8 | 那覇市 | 10 |
| 8 | 国頭村 | 10 |
| 10 | 今帰仁村 | 7 |
| 10 | 八重瀬町 | 7 |
| 12 | 南大東村 | 6 |
| 13 | 大宜味村 | 5 |
| 13 | 東村 | 5 |
| 13 | 宜野座村 | 5 |
| 13 | 読谷村 | 5 |
| 13 | 伊是名村 | 5 |
| 13 | 竹富町 | 5 |
| 19 | 豊見城市 | 4 |
| 19 | 中城村 | 4 |
| 19 | 西原町 | 4 |
| 19 | 与那国町 | 4 |
| 23 | 本部町 | 3 |
| 23 | 金武町 | 3 |
| 23 | 伊江村 | 3 |
| 26 | 浦添市 | 2 |
| 26 | 沖縄市 | 2 |
| 26 | 恩納村 | 2 |
| 26 | 北中城村 | 2 |
| 26 | 座間味村 | 2 |
| 26 | 伊平屋村 | 2 |
| 26 | 多良間村 | 2 |
| 33 | 宜野湾市 | 1 |
| 33 | 嘉手納町 | 1 |
| 33 | 北谷町 | 1 |
| 33 | 渡嘉敷村 | 1 |