| 順位 | 市町村名 | 総合・製造品出荷額等[百万円](2016)データ |
| 1 | 熊本市 | 391,066 |
| 2 | 合志市 | 311,044 |
| 3 | 菊陽町 | 292,430 |
| 4 | 八代市 | 246,241 |
| 5 | 大津町 | 197,983 |
| 6 | 長洲町 | 171,038 |
| 7 | 菊池市 | 155,485 |
| 8 | 宇城市 | 114,044 |
| 9 | 宇土市 | 96,831 |
| 10 | 山鹿市 | 80,140 |
| 11 | 水俣市 | 78,140 |
| 12 | 玉名市 | 76,110 |
| 13 | 南関町 | 65,913 |
| 14 | 益城町 | 65,696 |
| 15 | 阿蘇市 | 64,572 |
| 16 | 西原村 | 39,827 |
| 17 | 荒尾市 | 37,297 |
| 18 | 嘉島町 | 36,239 |
| 19 | 天草市 | 26,800 |
| 20 | 和水町 | 25,588 |
| 21 | 錦町 | 21,912 |
| 22 | 人吉市 | 17,228 |
| 23 | 芦北町 | 14,363 |
| 24 | あさぎり町 | 11,197 |
| 25 | 上天草市 | 11,160 |
| 26 | 甲佐町 | 10,724 |
| 27 | 御船町 | 8,780 |
| 28 | 相良村 | 7,656 |
| 29 | 高森町 | 6,338 |
| 30 | 山都町 | 5,086 |
| 31 | 玉東町 | 4,465 |
| 32 | 多良木町 | 3,640 |
| 33 | 美里町 | 3,400 |
| 34 | 湯前町 | 2,244 |
| 35 | 苓北町 | 2,108 |
| 36 | 小国町 | 1,942 |
| 37 | 津奈木町 | 1,846 |
| 38 | 南阿蘇村 | 1,566 |
| 39 | 水上村 | 1,384 |
| 40 | 南小国町 | 748 |
| 41 | 山江村 | 704 |
| 42 | 球磨村 | 490 |
| 43 | 氷川町 | 448 |