| 順位 | 市町村名 | 総合・製造品出荷額等[百万円](2016)データ |
| 1 | 長崎市 | 474,275 |
| 2 | 諫早市 | 378,327 |
| 3 | 佐世保市 | 163,250 |
| 4 | 西海市 | 155,506 |
| 5 | 大村市 | 104,608 |
| 6 | 波佐見町 | 76,762 |
| 7 | 時津町 | 59,717 |
| 8 | 松浦市 | 49,166 |
| 9 | 島原市 | 28,581 |
| 10 | 川棚町 | 26,257 |
| 11 | 雲仙市 | 24,106 |
| 12 | 南島原市 | 12,456 |
| 13 | 東彼杵町 | 8,054 |
| 14 | 平戸市 | 6,997 |
| 15 | 壱岐市 | 6,713 |
| 16 | 五島市 | 6,446 |
| 17 | 長与町 | 5,316 |
| 18 | 対馬市 | 4,641 |
| 19 | 新上五島町 | 1,975 |