| 順位 | 市町村名 | 製造業[経済センサス2012]=従業者数[人]データ |
| 1 | 大津町 | 7,421 |
| 2 | 八代市 | 7,296 |
| 3 | 菊池市 | 6,979 |
| 4 | 合志市 | 5,646 |
| 5 | 宇城市 | 4,789 |
| 6 | 長洲町 | 3,940 |
| 7 | 山鹿市 | 3,722 |
| 8 | 菊陽町 | 3,079 |
| 9 | 玉名市 | 3,042 |
| 10 | 天草市 | 2,717 |
| 11 | 阿蘇市 | 2,191 |
| 12 | 水俣市 | 2,030 |
| 13 | 宇土市 | 1,870 |
| 14 | 南関町 | 1,861 |
| 15 | 益城町 | 1,694 |
| 16 | 人吉市 | 1,634 |
| 17 | 荒尾市 | 1,599 |
| 18 | 錦町 | 1,579 |
| 19 | 和水町 | 1,382 |
| 20 | 西原村 | 1,379 |
| 21 | 上天草市 | 1,254 |
| 22 | あさぎり町 | 908 |
| 23 | 芦北町 | 901 |
| 24 | 嘉島町 | 897 |
| 25 | 御船町 | 665 |
| 26 | 多良木町 | 621 |
| 27 | 甲佐町 | 608 |
| 28 | 山都町 | 496 |
| 29 | 高森町 | 380 |
| 30 | 苓北町 | 343 |
| 31 | 湯前町 | 335 |
| 32 | 美里町 | 280 |
| 33 | 玉東町 | 251 |
| 34 | 小国町 | 219 |
| 35 | 相良村 | 194 |
| 36 | 津奈木町 | 178 |
| 37 | 南阿蘇村 | 153 |
| 38 | 氷川町 | 118 |
| 39 | 南小国町 | 108 |
| 40 | 水上村 | 94 |
| 41 | 山江村 | 85 |
| 42 | 五木村 | 82 |
| 43 | 球磨村 | 45 |
| 44 | 産山村 | 40 |