| 順位 | 市町村名 | 製造業[経済センサス2012]=従業者数[人]データ |
| 1 | 長崎市 | 17,143 |
| 2 | 諫早市 | 9,428 |
| 3 | 佐世保市 | 8,877 |
| 4 | 大村市 | 4,844 |
| 5 | 波佐見町 | 2,904 |
| 6 | 時津町 | 2,883 |
| 7 | 島原市 | 2,628 |
| 8 | 南島原市 | 2,625 |
| 9 | 西海市 | 2,321 |
| 10 | 雲仙市 | 2,220 |
| 11 | 松浦市 | 1,898 |
| 12 | 川棚町 | 1,271 |
| 13 | 平戸市 | 1,145 |
| 14 | 佐々町 | 1,089 |
| 15 | 五島市 | 877 |
| 16 | 壱岐市 | 773 |
| 17 | 長与町 | 590 |
| 18 | 対馬市 | 542 |
| 19 | 東彼杵町 | 513 |
| 20 | 新上五島町 | 456 |
| 21 | 小値賀町 | 13 |