| 順位 | 市町村名 | 製造業[経済センサス2012]=事業所数データ |
| 1 | 長崎市 | 706 |
| 2 | 佐世保市 | 518 |
| 3 | 南島原市 | 442 |
| 4 | 波佐見町 | 378 |
| 5 | 諫早市 | 282 |
| 6 | 大村市 | 176 |
| 7 | 島原市 | 140 |
| 8 | 五島市 | 129 |
| 9 | 雲仙市 | 126 |
| 10 | 平戸市 | 111 |
| 11 | 対馬市 | 106 |
| 12 | 時津町 | 102 |
| 13 | 壱岐市 | 100 |
| 14 | 新上五島町 | 89 |
| 15 | 西海市 | 80 |
| 16 | 松浦市 | 65 |
| 17 | 川棚町 | 49 |
| 18 | 長与町 | 47 |
| 19 | 東彼杵町 | 34 |
| 20 | 佐々町 | 32 |
| 21 | 小値賀町 | 7 |