| 順位 | 市町村名 | 総合・現金給与総額[百万円](2016)データ |
| 1 | 長崎市 | 72,033 |
| 2 | 諫早市 | 41,206 |
| 3 | 佐世保市 | 23,694 |
| 4 | 大村市 | 16,456 |
| 5 | 時津町 | 12,588 |
| 6 | 西海市 | 10,997 |
| 7 | 松浦市 | 8,194 |
| 8 | 波佐見町 | 7,405 |
| 9 | 島原市 | 5,377 |
| 10 | 雲仙市 | 4,136 |
| 11 | 川棚町 | 3,864 |
| 12 | 南島原市 | 2,316 |
| 13 | 東彼杵町 | 1,698 |
| 14 | 平戸市 | 1,647 |
| 15 | 壱岐市 | 1,313 |
| 16 | 五島市 | 1,310 |
| 17 | 長与町 | 1,011 |
| 18 | 対馬市 | 928 |
| 19 | 新上五島町 | 507 |