| 順位 | 市町村名 | 総合・粗付加価値額[百万円](2016)データ |
| 1 | 諫早市 | 219,656 |
| 2 | 長崎市 | 115,292 |
| 3 | 大村市 | 50,961 |
| 4 | 佐世保市 | 49,518 |
| 5 | 西海市 | 41,599 |
| 6 | 時津町 | 24,070 |
| 7 | 松浦市 | 18,941 |
| 8 | 川棚町 | 9,177 |
| 9 | 雲仙市 | 8,523 |
| 10 | 島原市 | 6,755 |
| 11 | 南島原市 | 6,403 |
| 12 | 東彼杵町 | 4,754 |
| 13 | 壱岐市 | 3,859 |
| 14 | 平戸市 | 3,684 |
| 15 | 五島市 | 2,652 |
| 16 | 長与町 | 2,553 |
| 17 | 対馬市 | 2,009 |
| 18 | 新上五島町 | 1,163 |
| 19 | 波佐見町 | -490 |